17 октября 2007 года по решению Представительного Собрания Вологодского муниципального района, была создана контрольная комиссия Вологодского муниципального района со штатной численностью в количестве одного человека в структуре Представительного Собрания Вологодского муниципального района.
В сентябре 2011 года, с принятием федерального закона от 07.02.2011 г. № 6-ФЗ «Об общих принципах организации и деятельности контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации, федеральных территорий и муниципальных образований», решением Представительного Собрания Вологодского муниципального района от 13 сентября 2011 г. № 303, штатная численность контрольной комиссии района была увеличена до 3 единиц. При этом с 01 января 2012 года контрольной комиссии района переданы полномочия по осуществлению внешнего муниципального финансового контроля 12 сельских поселений. В июне 2017 года, после преобразования, количество сельских поселений уменьшилось до 10. 1 июня 2022 года Вологодский муниципальный район и 10 сельских поселений были упразднены и объедены в Вологодский муниципальный округ.
14 сентября 2022 года было принято решение Представительного Собрания Вологодского муниципального округа о создании контрольно-счетной комиссии Вологодского муниципального округа со статусом юридического лица, штатной численностью 3 единицы.